Évêché catalan, du domaine de la couronne d'Espagne, passé à la France au traité des Pyrénées (1659), l'évêché d'Elne / Perpignan se caractérise essentiellement par la pluralité de son ancrage culturel. Au XVIe siècle, la guerre avec la France, le péril de l'alliance franco-turque, les progrès de la Réforme protestante, placent le Roussillon à la croisée des périls qui menacent l'Empire des Habsbourg. Le diocèse d'Elne voit la rapide et parfois brutale diffusion des prescriptions du concile de Trente, dans un contexte de militarisation croissante de la frontière, de récession économique, de catastrophes épidémiques et climatiques. Au XVIIe siècle, les ravages des troupes espagnoles, françaises et catalanes, le chaos progressif qui gagne le Roussillon, préfigurent le désastre de 1642 (chute de Perpignan). Mais c'est surtout le refus de Rome de reconnaître les évêques proposés par le roi de France et d'étendre le concordat de Bologne (1516) à la province nouvellement conquise qui ouvre une crise ecclésiastique majeure. L'Église d'Elne, passée à la France, perpétue ses caractères ecclésiaux spécifiquement espagnols, par un tour de passe-passe juridique, l'indult de 1668, qui marque une victoire relative de la papauté sur l'esprit gallican. La pratique après 1668 consistera pour la France à revenir par tous les moyens possibles, sur ce qui a été alors accepté. Seul l'apaisement des tensions entre Rome et la France après 1680, permet à l'Église roussillonnaise de poursuivre avec des évêques français, l'oeuvre de réforme amorcée dans la première moitié du siècle. Ce n'est qu'à partir du XVIIIe siècle que commence un processus lent d'adaptation et d'intégration du diocèse d'Elne à l'Eglise de France. Ce processus de réforme est stoppé par la Révolution française. A travers l'histoire de l'évêché d'Elne, ce sont des pages entières de l'histoire du Roussillon, parfois méconnues, qui se donnent à lire, à travers une catalanité toujours revendiquée, toujours problématique.